普惠金融产业学院强化高校、合作企业、地方政府、行业协会的多元主体协同作用，“政”、“校”、“企”、“协”多维联动，实行理事会领导下的院长负责制。建立产业学院的人事、财务等制度体系，建立多主体协同治理组织架构，构建共建共治共享工作机制。理事会任期三年，每年至少召开一次理事会会议，负责产业学院重大问题决策、经费预算等重大事项决策与审议。产业学院下设发展工作、教学工作和科研工作3个委员会。发展工作委员会主要负责产业学院发展规划，产学研平台建设，师资队伍建设等工作，教学工作委员会主要负责专业人才培养，实验室建设，实践基地建设等工作，科研工作委员会主要负责学院科研学科建设，科研平台管理等工作。产业学院设综合办公室，负责产业日常运行管理，协助委员会开展相关工作。